Установка производится в несколько простых команд.

1. Для начала скачайте сам лоадер(список доступных лоадеров можете просмотреть на официальном сайте http://www.ioncube.com/loaders.php):

wget http://downloads2.ioncube.com/loader_downloads/ioncube_loaders_lin_x86.tar.gz

2. После скачивание разархивируем:

tar zxf ioncube_loaders_lin_x86-64.tar.gz

3. Перемещаем файл лоадера:

mv ioncube /usr/local

4. В конец файла php.ini, в начало блока [Zend] вставляем строки:

zend_extension = /usr/local/ioncube/ioncube_loader_lin_5.2.so
zend_extension_ts = /usr/local/ioncube/ioncube_loader_lin_5.2_ts.so

5. Перезапускаем апач:

service httpd restart

6. Наличие установленого лоадера проверяем командой php -v, в выдаче команды Вы должны получить:

root@s1 [~]# php -v
PHP 5.2.17 (cli) (built: Mar 20 2011 04:37:05)
Copyright (c) 1997-2010 The PHP Group
Zend Engine v2.2.0, Copyright (c) 1998-2010 Zend Technologies
with eAccelerator v0.9.5.3, Copyright (c) 2004-2006 eAccelerator, by eAccelerator
with the ionCube PHP Loader v4.0.7, Copyright (c) 2002-2011, by ionCube Ltd., and
with Zend Optimizer v3.3.9, Copyright (c) 1998-2009, by Zend Technologies
root@s1 [~]#

Установка завершена 

Если у Вас возникли ошибки — проверяйте верность выполнения всех шагов и проверяйте тот ли лоадер скачали