В файле конфигурации почтового сервера Exim необходимо настроить директиву следующим образом

acl_not_smtp = acl_not_smtp

begin acl

        acl_not_smtp:
                deny message = Sender rate overlimit - $sender_rate / $sender_rate_period
                ratelimit = 50 / 1h / leaky
                accept

        acl_check_rcpt:
                deny message = Sender rate SMTP overlimit - $sender_rate / $sender_rate_period
                ratelimit = 100 / 1h / leaky

                accept  hosts = net-lsearch;/etc/exim/whitelist

В итоге выставляется ограничение в 50 писем в час для почты отправленной не по SMTP (например через PHP mail) и в 100 писем для отправки через SMTP. В файле /etc/exim/whitelist создается белый список хостов на которые лимит не действует.